La Contraloría General de la fuerza Armada Nacional Bolivariana en cumplimiento a las políticas dictadas por el Ejecutivo Nacional para toda la Administración Pública Nacional y atendiendo las nuevas directrices dadas por el Ministerio del Poder Popular para la Planificación y el desarrollo ha resuelto adecuar la estructura organizativa de esta Institución,  a la nueva norma. En tal sentido, se presenta a continuación la nueva Estructura Organizativa de la CONGEFANB, avalada por VIPLADIN según  Oficio N° 000920 de fecha 19 de Noviembre 2009: